La ordenación general de la navegación marítima y de la flota civil española es también una competencia de Fomento. Así, desde la Dirección General de la Marina Mercante se vela por la ordenación y el control del tráfico marítimo; el despacho, registro y abanderamiento de buques civiles así como la ordenación y ejecución de las inspecciones y controles técnicos, estructurales y de equipamiento de los buques civiles.

Las competencias de ejecución de la política portuaria del Gobierno, se ejercen a través del organismo público Puertos del Estado, correspondiendo a los organismos públicos denominados Autoridades Portuarias la prestación de servicios generales así como la gestión del dominio público portuario.

La Sociedad de Salvamento y Seguridad Marítima (SASEMAR) presta los servicios públicos de salvamento de la vida humana en la mar, y de la prevención y lucha contra la contaminación del medio marino, así como los servicios de seguimiento y ayuda al tráfico marítimo, de seguridad marítima y de la navegación, de remolque y asistencia a buques, y aquellos complementarios de los anteriores.